Războiul din Transnistria
În 1990, moldovenii, majoritari în Moldova, au declarat ca limbă oficială limba română. Într-o parte a Transnistriei, mai ales în orașul Tiraspol în care procentul populației moldovenești este mai scăzut, s-a dezvoltat o mișcare separatistă rusă, care la 2 septembrie 1990 a proclamat Republica Moldovenească Nistreană.
În zilele de 1-2 noiembrie 1990, au avut loc primele ciocniri pe podul de la Dubăsari, atunci murind și primii polițiști și localnici din Dubăsari. Astfel, pe drumurile din oraș au fost instalate puncte de control și s-a blocat podul de peste Nistru. Pe drumul de acces spre Dubăsari au avut loc ciocniri cu populația civilă, în timpul cărora s-au înregistrat victime. În războiul din 1992 au murit peste 1.000 de persoane și au fost rănite circa 1.500.
Cu sprijinul trupelor rusești, mișcarea separatistă a izbutit în urma confruntării armate din 1992 să preia controlul asupra celei mai mari părți a zonei transnistrene a Republicii Moldova, cât și a unei zone din Basarabia în jurul orașului Tighina.
După semnarea unui acord (Convenția cu privire la principiile reglementării pașnice a conflictului armat din zona nistreană a Republicii Moldova), rușii au decis să lase câteva mii de militari în zonă pentru a menține republica separatistă, astfel că guvernul moldovean nu mai are nici o autoritate asupra regiunii transnistrene, în afară de 6 sate din raionul Dubăsari.
Criza din 2004
În vara anului 2004, autoritățile transnistrene au închis cu forța cele șase școli din stânga Nistrului în care se folosea limba română scrisă cu alfabet latin, o măsură care a afectat cei 3.400 de elevi care învățau în aceste școli. Mai mulți profesori și părinți, care s-au opus închiderii, au fost arestați. În timpul crizei, guvernul moldovean a decis să instituie un blocaj economic Transnistriei, care să izoleze republica separatistă de restul țării. Blocajul a fost inutil din cauza lipsei de cooperare cu guvernul Ucrainei. Transnistria a răspuns printr-o serie de acțiuni care erau menite să destabilizeze situația economică din Moldova, în principal, prin oprirea furnizării energiei electrice. În consecință, această criză a generat întreruperi ale aprovizionării cu curent electric în părți ale Moldovei. Aceste școli au fost în cele din urmă redeschise, dar au primit statutul de "instituții educaționale non-guvernamentale".
La 17 septembrie 2006, autoritățile separatiste transnistrene au organizat un referendum privind soarta viitoare a Transnistriei, care a arătat că o majoritate largă sprijină independența față de Moldova și aderarea la Federația Rusă. Rezultatele acestui referendum nu au fost însă recunoscute de comunitatea internațională.